北京协和医学院“微生物与生化药学”学科的依托单位是北京协和医学院医药生物技术研究所，2001年，本学科被评为国家高等学校重点学科，成为国内该专业领域唯一的国家重点学科点。学科依托单位的建设始于1956年，起初是原中华民国中央卫生研究院抗生素系，1958年改建为北京协和医学院抗菌素研究所，1987年更名为医药生物技术研究所,学科专业为微生物药学。1997年，按照教育部颁布的专业目录,“微生物药学”与“生化药学”专业统一为“微生物与生化药学”。

研究所承建的“微生物与生化药学”是北京协和医学院“药学”学科的重要组成部分。现有博士生导师36人、硕士生导师38人，在读博硕研究生204人。自1961年开始招生以来，迄今已培养硕、博士研究生近千人，为我国抗感染事业发展提供了人才保障。

学科专业方向包括：药用微生物资源、微生物新药筛选、微生物化学、抗感染药物、抗病毒药物、抗肿瘤药物、生物工程、微生物代谢工程、生物化学与化学生物学、药物制剂、分析检测与药物质量控制等，形成了新药研究和开发的一整套技术体系。研究内容涵盖了药物靶点发现与鉴定、分子生物学、药用生物技术、发酵工程、细胞工程、药效学评价、药物作用分子基础等，其中，合成生物学、肿瘤靶向治疗药物、微生物活性产物和抗感染药物等研究方面处于国内领先地位，部分研究处于国际先进水平。“抗感染药物临床前药效评价平台关键技术的建立及应用”获得2011年度国家科技进步奖二等奖；“小檗碱纠正高血脂的分子机理、化学基础及临床特点研究”获得2012年度国家自然科学二等奖。

研究所的成立与发展，一直与新兴学科的兴起密切相关。现代药学的里程碑都是由微生物药物研究诞生：1940年代青霉素的发现是现代药学的第一个里程碑；1980年代微生物基因工程技术使生物技术药物成为可能，成为现代药学的第二个里程碑；微生物特殊的生物特性：多态性、快速复制、基因调控的可操作性及环保性等，又使之成为合成生物学研究的重要聚焦点。进入21世纪以来，学科的建设与发展跨越性地进入新的高度，成为培养综合素质高、创新能力强的学术引领型人才的摇篮。