实验动物中心由研究所实验动物管理与动物福利委员会负责管理。2007年建成SPF级屏障设施，并取得北京市科委颁发的《实验动物使用许可证》。2012年和2017年分别通过北京市实验动物管理办公室组织的专家现场评审，现《实验动物使用许可证》编号为SCXK-2017-0023。2020年5月设定为一线科研辅助科室。

中心现有管理人员7人，其中副研2人，中级职称2人，其他3人。屏障设施建筑面积近500 m2，屏障实验区面积300m2。分为屏障正压区、屏障负压区和普通区。屏障区主要饲养大鼠、小鼠、裸鼠、转基因实验动物。普通区主要饲养豚鼠、家兔和犬等实验动物，年饲养各类动物3万余只。中心主要进行与肿瘤、病毒、药理和药物代谢等相关的动物实验。同时，所有设施均配备了先进的自动控制系统、电视监控系统和网络通信系统，保证了设施隐形管理的可靠性的同时兼顾了科研人员使用的便利性。屏障设施的标准化运行，保证了动物实验结果的客观性、准确性和可重复性，为研究所创新药物研究的持续发展打下了良好的基础。同时，中心对所内的研究生和首次从事动物实验的工作人员进行动物实验的基本操作技能培训，以便其顺利开展动物实验。作为研究所及合作机构的重要教学、研究和公共服务设施，中心为本所的科研和开发工作提供了强力支持。